混合精度下的牛顿法。C. T. Kelley。SIAM Review 64: 191-211 (2022)。doi: 10.1137/20M1342902
GaussianProcesses.jl:Julia 语言的非参数贝叶斯软件包。Jamie Fairbrother,Christopher Nemeth,Maxime Rischard,Johanni Brea,Thomas Pinder。Journal of Statistical Software 102 no. 1 (2022)。doi: 10.18637/jss.v101.i06。软件包:GaussianProcesses.jl
JuliaConnectoR:在 R 中集成 Julia 的面向函数的接口。Stefan Lenz,Maren Hackenberg,Harald Binder。Journal of Statistical Software 101 no. 16 (2022)。doi: 10.18637/jss.v101.i06。软件包:JuliaConnectoR
使用 Trixi.jl 进行自适应数值模拟:Julia 用于科学计算的案例研究。Hendrik Ranocha,Michael Schlottke-Lakemper,Andrew R. Winters,Erik Faulhaber,Jesse Chan,Gregor J. Gassner。JuliaCon 会议论文集 (2022)。doi: 10.21105/jcon.00077。arXiv: 2108.06476 [cs.MS]。软件包:Trixi.jl,SummationByPartsOperators.jl,OrdinaryDiffEq.jl
COBREXA.jl:基于约束的重建和百亿级分析。Kratochvíl,M.,Heirendt,L.,Wilken,S.E.,Pusa,T.,Arreckx,S.,Noronha,A.,van Aalst,M.,Satagopam,V.P.,Ebenhöh,O.,Schneider,R.,Trefois,C. 和 Gu,W。Bioinformatics, 38.4 (2022),第 1171-1172 页。doi: 10.1093/bioinformatics/btab782。软件包:COBREXA.jl。
EntropyHub:一个用于熵时间序列分析的开源工具包。Matthew W. Flood,Bernd Grimm。PLoS ONE (2021)。doi: 10.1371/journal.pone.0259448。软件包:EntropyHub.jl
评估气候控制权衡和应对意外气候结果的简单模型。Henri F. Drake,Ronald L. Rivest,Alan Edelman,John M. Deutch。Environmental Research Letters (2021)。doi: 10.1088/1748-9326/ac243e。软件包:ClimateMARGO.jl。
关于非线性色散波动方程数值解的时间误差增长率。Hendrik Ranocha,Manuel Quezada de Luna,David I. Ketcheson。Partial Differential Equations and Applications (2021)。doi: 10.1007/s42985-021-00126-3。arXiv: 2102.07376 [math.NA]。软件包:SummationByPartsOperators.jl,OrdinaryDiffEq.jl
SummationByPartsOperators.jl:一个具有模拟特性的可证明稳定的半离散化技术的 Julia 库。Hendrik Ranocha。Journal of Open Source Software (2021)。doi: 10.21105/joss.03454。软件包:SummationByPartsOperators.jl
防止压力振荡并不能解决基于熵的分裂形式高阶方案的局部线性稳定性问题。Hendrik Ranocha,Gregor J. Gassner。Communications on Applied Mathematics and Computation (2021)。doi: 10.1007/s42967-021-00148-z。arXiv: 2009.13139 [math.NA]。软件包:Trixi.jl,OrdinaryDiffEq.jl
用于自引力气体动力学的纯双曲不连续伽辽金方法。Michael Schlottke-Lakemper,Andrew R. Winters,Hendrik Ranocha,Gregor J. Gassner。Journal of Computational Physics (2021)。doi: 10.1016/j.jcp.2021.110467。arXiv: 2008.10593 [math.NA]。软件包:Trixi.jl
色散波动方程的一类保守数值方法。Hendrik Ranocha,Dimitrios Mitsotakis,David I. Ketcheson。Communications in Computational Physics (2021)。doi: 10.4208/cicp.OA-2020-0119。arXiv: 2006.14802 [math.NA]。软件包:SummationByPartsOperators.jl,OrdinaryDiffEq.jl
将大气数据压缩成其真实信息内容。Milan Klöwer,Miha Razinger,Juan J. Dominguez,Peter D. Düben,Tim N. Palmer。Nature Computational Science 1 (11),713-724 (2021)。doi: 10.1038/s43588-021-00156-2。软件包:BitInformation.jl,ZfpCompression.jl,LinLogQuantization.jl。
GeophysicalFlows.jl:用于周期域中 CPU 和 GPU 上地球物理流体动力学问题的求解器。Navid C. Constantinou,Gregory L. Wagner,Lia Siegelman,Brodie C. Pearson,André Palóczy。Journal of Open Sourse Software 60 no. 6, 3053 (2021)。doi: 10.21105/joss.03053。软件包:GeophysicalFlows.jl
Distributions.jl:JuliaStats 生态系统中概率分布的定义和建模。Mathieu Besançon,Theodore Papamarkou,David Anthoff,Alex Arslan,Simon Byrne,Dahua Lin,John Pearson。Journal of Statistical Software 98 no. 16 (2021)。doi: 10.18637/jss.v098.i16。软件包:Distributions.jl
两部门匹配模型中的供求关系。Paweł Gola。Journal of Political Economy 126 no. 3 (2021)。doi: doi.org/10.1086/712507。预印本:作者网页。代码:作者网页
俘获平面超流体中的中性涡环项链。M. M. Cawte,M. T. Reeves 和 A. S. Bradley。Journal of Low Temperature Physics 2021。 10.1007/s10909-020-02547-7。软件包:DifferentialEquations.jl,VortexDistributions.jl
腔内三线态下转换中的稳态、压缩和纠缠。M. D. E. Denys,M. K. Olsen,L. S. Trainor,H. G. L. Schwefel,A. S. Bradley。Optics Communications 2021。 10.1016/j.optcom.2020.126699。软件包:DifferentialEquations.jl,QuantumOptics.jl
地统计学习:挑战与机遇。Júlio Hoffimann,Maciel Zortea,Breno de Carvalho,Bianca Zadrozny。Frontiers in Applied Mathematics and Statistics 2021。 10.3389/fams.2021.689393。软件包:GeoStats.jl
组合半带式问题的渐近最优策略的多项式时间算法。Thibaut Cuvelier,Richard Combes,Éric Gourdin。Algorithmic Learning Theory (ALT) 2021,巴黎(法国)。arXiv: 2102.07254。软件包:CombinatorialBandits.jl。
组合半带式问题的统计有效多项式时间算法。Thibaut Cuvelier,Richard Combes,Éric Gourdin。ACM SIGMETRICS 2021,北京(中国)。arXiv: 2002.07258。软件包:CombinatorialBandits.jl,Kombinator.jl。
轨迹优化直接转录公式中的逆动力学与正向动力学。Henrique Ferrolho,Vladimir Ivan,Wolfgang Merkt,Ioannis Havoutis,Sethu Vijayakumar。(2021) IEEE 国际机器人与自动化会议 (ICRA)。arXiv: 2010.05359。网址:https://ferrolho.github.io/research/publications/ferrolho2021inverse/。软件包:TORA.jl,RigidBodyDynamics.jl,MeshCat.jl。
关于 Aut(Fₙ) 和 SLₙ(ℤ) 的性质 (T)。Marek Kaluba,Dawid Kielak 和 Piotr W. Nowak。Annals of Mathematics 193, no. 2 (2021)。doi: 10.4007/annals.2021.193.2.3。arXiv: 1812.03456。软件包:Groups.jl,GroupRings.jl,PropertyT.jl。
通过邻域图上的局部搜索方法解决最近邻搜索问题的可扩展解决方案。Eric S. Tellez,Guillermo Ruiz,Edgar Chavez,Mario Graff。_Pattern Analysis and Applications 24, 763–777 (2021)。doi: 10.1007/s10044-020-00946-w。arXiv: 1705.10351。软件包:SimilaritySearch.jl。
使用 90,000 个人工生成的微观结构进行多孔材料中物质传输预测的大规模统计学习。B. Prifling,M. Röding,P. Townsend,M. Neumann,V. Schmidt (2021) Frontiers in Materials, 8:786502。doi: 10.3389/fmats.2021.786502。
用于经典有限差分求和分部算子的离散向量微积分和亥姆霍兹霍奇分解。Hendrik Ranocha,Katharina Ostaszewski,Philip Heinisch。Communications on Applied Mathematics and Computation (2020)。doi: 10.1007/s42967-019-00057-2。arXiv: 1908.08732 [math.NA]。软件包:SummationByPartsOperators.jl
数值格式、误差缓解和天气和气候建模中 16 位算术的应用范围(使用浅水模型分析)。Milan Klöwer,Peter D Düben,Tim N Palmer。Journal of Advances in Modeling Earth Systems, (2020) doi: 10.1029/2020MS002246。软件包:ShallowWaters.jl,SoftPosit.jl,Float8s.jl。
具有时间触发转换的参数线性混合系统的有效可达性分析。Marcelo Forets,Daniel Freire,Christian Schilling。第 18 届 ACM-IEEE 系统设计形式化方法与模型国际会议,(2020) doi: 10.1109/MEMOCODE51338.2020.9314994。arXiv: 2006.12325。软件包:ReachabilityAnalysis.jl,LazySets.jl。
案例研究:统一的作战指挥控制模型中的可达性和可扩展性。Sergiy Bogomolov,Marcelo Forets,Kostiantyn Potomkin。可达性问题国际会议 (2020)。计算机科学讲义,第 12448 卷。,doi: 10.1007/978-3-030-61739-4_4。软件包:ReachabilityAnalysis.jl,LazySets.jl,TaylorModels.jl,TaylorSeries.jl。
ARCH-COMP20 类别报告:具有非线性动力学的连续和混合系统。Luca Geretti,Julien Alexandre dit Sandretto,Matthias Althoff,Luis Benet,Alexandre Chapoutot,Xin Chen,Pieter Collins,Marcelo Forets,Daniel Freire,Fabian Immler,Niklas Kochdumper,David P. Sanders 和 Christian Schilling。(2020) ARCH20。第 7 届连续和混合系统应用验证国际研讨会,74: 49–75。doi: 10.29007/zkf6。软件包:ARCH2020NLNRE,ReachabilityAnalysis.jl,LazySets.jl,TaylorModels.jl,TaylorSeries.jl。
ARCH-COMP20 类别报告:具有线性连续动力学的连续和混合系统。Matthias Althoff,Stanley Bak,Zongnan Bao,Marcelo Forets,Daniel Freire,Goran Frehse,Niklas Kochdumper,Yangge Li,Sayan Mitra,Rajarshi Ray,Christian Schilling,Stefan Schupp 和 Mark Wetzlinger。(2020) ARCH20。第 7 届连续和混合系统应用验证国际研讨会,74: 16–48。doi: 10.29007/7dt2。软件包:ARCH2020AFFRE,ReachabilityAnalysis.jl,LazySets.jl。
使用多胞投影优化动态轨迹以增强对扰动的鲁棒性。Henrique Ferrolho,Wolfgang Merkt,Vladimir Ivan,Wouter Wolfslag,Sethu Vijayakumar。(2020)《IEEE/RSJ国际智能机器人与系统会议(IROS)》,第7477–7484页。arXiv:2003.00609。网址:https://ferrolho.github.io/research/publications/ferrolho2020optimizing/。
通过通用分层狄利克雷过程中的并行和分布式采样实现可扩展和灵活的分组数据聚类。Or Dinari,Oren Freifeld。(2020)《人工智能不确定性会议》,第231-240页。网址:http://www.auai.org/uai2020/proceedings/115_main_paper.pdf。软件包:VersatileHDPMixtureModels.jl。
具有随机波动性的向量自回归的顺序贝叶斯推理。Mark Bognanni,John Zito。(2020)《经济动态与控制杂志》,113:103851。doi:10.1016/j.jedc.2020.103851。网址:http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S016518892030021X。
固体力学的自动微分。Andrea Vigliotti,Ferdinando Auricchio。(2020)《工程计算方法档案》。doi:10.1007/s11831-019-09396-y。网址:https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11831-019-09396-y。预印本:https://arxiv.org/abs/2001.07366
BioStructures.jl:在Julia中读取、写入和操作大分子结构。Joe G Greener,Joel Selvaraj,Ben J Ward。(2020)《生物信息学》,36(14):4206-4207。doi:10.1093/bioinformatics/btaa502。软件包:BioStructures.jl。
Polymake.jl:Polymake的新接口。Marek Kaluba,Benjamin Lorenz,Sascha Timme。(2020)《数学软件 - ICMS 2020》。doi:10.1007/978-3-030-52200-1_37。软件包:Polymake.jl
通过基于高阶微观结构信息的统计学习预测渗透率。M. Röding,Z. Ma,S. Torquato。(2020)《科学报告》,10:15239。doi:10.1038/s41598-020-72085-5。
GigaSOM.jl:大型细胞分析数据集的高性能聚类和可视化。Kratochvíl M.,Hunewald O.,Heirendt L.,Verissimo V.,Vondrášek J.,Satagopam V. P.,Schneider R.,Trefois C.,Ollert M。(2020)《GigaScience》9.11。doi:10.1093/gigascience/giaa127。软件包:GigaSOM.jl,GigaScatter.jl,DistributedData.jl。
玻色-爱因斯坦凝聚体中涡旋偶极子的斯涅耳定律。M. M. Cawte,X. Yu,B. P. Anderson,A. S. Bradley。SciPost Physics 2019。10.21468/SciPostPhys.6.3.032。软件包:DifferentialEquations.jl,VortexDistributions.jl
使用Julia和Flux进行现代机器学习。Dhairya Gandhi,Mike Innes,Elliot Saba,Keno Fischer和Viral Shah。(2019)。《Computação Brasil》杂志:41-45。出版商:巴西计算机协会。英文原文。译为巴西葡萄牙语(由André Lage-Freitas和Orivaldo Santana翻译)
PDFIO:用于原生Julia的PDF阅读器库。Sambit Dash。(2019)《开源软件杂志》。doi:10.21105/joss.01453软件包:PDFIO.jl
快速目标耦合平面照明显微镜。Cody Greer,Timothy E. Holy。(2019)《自然通讯》,10.1。doi:10.1038/s41467-019-12340-0。网址:https://www.nature.com/articles/s41467-019-12340-0。软件包:FastScanningAndDPI。
通过生理定义的神经元类型的光学标记揭示感觉编码机制。Donghoon Lee,Maiko Kume,Timothy E. Holy。(2019)《科学》,366.6471。doi:10.1126/science.aax8055。网址:https://science.sciencemag.org/content/366/6471/1384.abstract。软件包:BlockRegistration.jl,BlockRegistrationScheduler.jl。
基于频域数值方法的高精度像素级FRAP模型。M. Röding,L. Lacroix,A. Krona,T. Gebäck,N. Lorén。(2019)《生物物理学杂志》,116:1348–1361。doi:10.1016/j.bpj.2019.02.023。
一秒钟内找到3264条圆锥曲线。Paul Breiding,Bernd Sturmfels,Sascha Timme。(2019)。arXiv:1902.05518。软件包:HomotopyContinuation.jl。
基于频域数值方法的高精度像素级FRAP模型。M. Röding,L. Lacroix,A. Krona,T. Gebäck,N. Lorén。(2019)《生物物理学杂志》,116:1348–1361。doi:10.1016/j.bpj.2019.02.023。
ARCH-COMP19类别报告:具有线性连续动力学的连续和混合系统。Matthias Althoff,Stanley Bak,Marcelo Forets,Goran Frehse,Niklas Kochdumper,Rajarshi Ray,Christian Schilling,Stefan Schupp。(2019)《ARCH19. 第六届应用连续与混合系统验证国际研讨会》,61:14–40。doi:10.29007/bj1w。软件包:arch2019_re,lazysets,Reachability.jl。
ARCH-COMP19类别报告:具有非线性动力学的连续和混合系统。Fabian Immler,Matthias Althoff,Luis Benet,Alexandre Chapoutot,Xin Chen,Marcelo Forets,Luca Geretti,Niklas Kochdumper,David P. Sanders,Christian Schilling。(2019)《ARCH19. 第六届应用连续与混合系统验证国际研讨会》,61:41–61。doi:10.29007/m75b。软件包:arch2019_re,Lazysets.jl,Reachability.jl,TaylorIntegration.jl,TaylorModels.jl,TaylorSeries.jl。
Aut(F₅)具有性质(T)。Marek Kaluba,Piotr W. Nowak,Narutaka Ozawa(2019)《数学年鉴》,375:1169–1191。doi:10.1007/s00208-019-01874-9。arXiv:1712.07167。软件包:Groups.jl,GroupRings.jl,PropertyT.jl。
非线性特征问题的Broyden方法。Elias Jarlebring。(2019)《SIAM J. Sci. Comput.》,42:A989–A1012。doi:10.1137/18M1173150。arXiv:1802.07322。软件包:NonlinearEigenproblems.jl。
CellFishing.jl:用于单细胞RNA测序的超快速和可扩展细胞搜索方法。Kenta Sato,Koki Tsuyuzaki,Kentaro Shimizu,Itoshi Nikaido。(2019)《基因组生物学》,20(31)。doi:10.1186/s13059-019-1639-x。软件包:CellFishing.jl。
使用Julia在狄利克雷过程混合模型中进行分布式MCMC推理。Or Dinari,Angel Yu,Oren Freifeld,John W. Fisher III。(2019)《国际集群、云和网格计算研讨会(CCGRID)高性能机器学习研讨会》:518–525。doi:10.1109/CCGRID.2019.00066。网址:https://www.cs.bgu.ac.il/~dinari/papers/dpmm_hpml2019.pdf。软件包:DPMMSubClusters.jl。
Distributions.jl:JuliaStats生态系统中概率分布的定义和建模。Besançon,Mathieu,Anthoff,David,Arslan,Alex,Byrne,Simon,Lin,Dahua,Papamarkou,Theodore,Pearson,John。(2019)arXiv:1907.08611。软件包:Distributions.jl。
使用分区变异函数进行高效变异函数分析。Hoffimann,Júlio,Zadrozny,Bianca。(2019)《计算机与地球科学》,131:52–59。doi:10.1016/j.cageo.2019.06.013。软件包:Variography.jl。
JuliaReach:基于集合的可达性工具箱。Sergiy Bogomolov,Marcelo Forets,Goran Frehse,Kostiantyn Potomkin,Christian Schilling。(2019)《HSCC '19混合系统:计算与控制第22届ACM国际会议论文集》。doi:10.1145/3302504.3311804。arXiv:1901.10736。软件包:Lazysets.jl,Reachability.jl。
地貌数据的形态动力学分析和统计合成。应用于水槽实验。Hoffimann,Júlio,Bufe,Aaron,Caers,Jef。(2019)《地球物理研究杂志(地表)》。doi:10.1029/2019JF005245。软件包:ImageQuilting.jl。
实用超现实:Julia中的超现实算术。Matthew Roughan。(2019)《SoftwareX》,9:293–298。doi:https://doi.org/10.1016/j.softx.2019.03.005。网址:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2352711018302152。
通过块分解进行线性混合系统的可达性分析。Sergiy Bogomolov,Marcelo Forets,Goran Frehse,Kostiantyn Potomkin,Christian Schilling。《IEEE集成电路与系统计算机辅助设计交易》,39:11(2020)doi:10.1109/TCAD.2020.3012859。arXiv:1905.02458。软件包:LazySets.jl,Reachability.jl。
RHEOS.jl – 用于流变数据分析的Julia软件包。Jonathan Louis Kaplan,Alessandra Bonfanti,Alexandre J Kabla。(2019)《开源软件杂志》。doi:10.21105/joss.01700。软件包:RHEOS.jl。
TaylorSeries.jl:Julia中一元和多元的泰勒展开。Luis Benet,David P. Sanders。(2019)《开源软件杂志》,4(36):1043。doi:10.21105/joss.01043。软件包:TaylorSeries.jl。
使用现代编程语言结构进行热力学性质和流体建模。Martin Otter,Hilding Elmqvist,Dirk Zimmer,Christopher Laughman。(2019)《Modelica'2019 - 第13届国际Modelica会议论文集》。doi:10.3384/ecp19157589。软件包:ModiaMedia.jl。
U-Pb对跨白垩纪末期生物大灭绝的德干暗色岩脉冲喷发的约束。Blair Schoene,Michael P. Eddy,Kyle M. Samperton,C. Brenhin Keller,Gerta Keller,Thierry Adatte和Syed F. R. Khadri。(2019)《科学》363,862–866。doi:10.1126/science.aau2422软件包:Chron.jl
使用更少量子比特的变分量子特征值求解器。Jin-Guo Liu,Yi-Hong Zhang,Yuan Wan,Lei Wang。(2019)。arXiv:1902.02663。软件包:CuYao.jl,QuantumPEPS.jl,Yao.jl。
Yao.jl:用于量子算法设计的可扩展、高效框架。Xiu-Zhe Luo,Jin-Guo Liu,Pan Zhang,Lei Wang。(2019)。arXiv:1912.10877。软件包:CUDAnative.jl,CuYao.jl,Optim.jl,QuAlgorithmZoo.jl,RBNF.jl,SymEngine.jl,Yao.jl,YaoExtensions.jl。
用于在云中处理遥感数据的自动部署支持。André Lage-Freitas,Raphael P. Ribeiro,Naelson D. C. Oliveira,Alejandro C. Frery。(2018)《2018 IEEE国际地球科学与遥感研讨会(IGARSS)》:2054-2057。doi:10.1109/IGARSS.2018.8518964。软件包:Infra.jl。
ARCH-COMP18类别报告:具有线性连续动力学的连续和混合系统。Matthias Althoff,Stanley Bak,Xin Chen,Chuchu Fan,Marcelo Forets,Goran Frehse,Niklas Kochdumper,Yangge Li,Sayan Mitra,Rajarshi Ray,Christian Schilling,Stefan Schupp。(2018)《ARCH18. 第五届应用连续与混合系统验证国际研讨会》,54:23–52。doi:10.29007/73mb。软件包:Reachability.jl。
将Julia程序和ML模型自动完整编译到云TPU。Keno Fischer,Elliot Saba。(2018)。arXiv:1810.09868。网址:https://github.com/JuliaTPU。软件包:XLA.jl。
使用基于优化的避碰实现自动泊车。Xiaojing Zhang,Alexander Liniger,Atsushi Sakai,Francesco Borrelli。(2018)《2018 IEEE决策与控制会议(CDC)》。doi:10.1109/CDC.2018.8619433。网址:https://ieeexplore.ieee.org/document/8619433。软件包:h-obca。
利用贝叶斯推理在千万亿级规模上编目可见宇宙。Jeffrey Regier,Kiran Pamnany,Keno Fischer,Andreas Noack, Maximilian Lam,Jarrett Revels,Steve Howard,Ryan Giordano,David Schlegel,Jon McAuliffe,Rollin Thomas,Prabhat。(2018)《国际并行与分布式处理研讨会 (IPDPS)》。arXiv: 1801.10277。软件包:Celeste.jl。
谱隙数值估计的认证。Kaluba,Marek,Nowak,Piotr W.。(2018)《群复杂性密码学》,10(1): 33–41。doi: 10.1515/gcc-2018-0004。arXiv: 1703.0968。软件包:Groups.jl,GroupRings.jl,PropertyT.jl。
随机动力系统的拟势构建:一种优化方法。Rowan D. Brackston,Andrew Wynn,Michael P. H. Stumpf。(2018)《物理评论E》,98: 022136。doi: 10.1103/PhysRevE.98.022136。arXiv: 1805.07273。软件包:JuMP.jl,SumOfSquares.jl。
不要展开伴随:对SSA形式程序进行微分。Michael J Innes。(2018)。arXiv: 1810.07951。软件包:Zygote.jl。
不可渗透超球晶格中的有效扩散率。M. Röding。(2018)《物理评论E》,98: 052908。doi: 10.1103/PhysRevE.98.052908。
使用Flux进行时尚建模。Michael J Innes,Elliot Saba,Keno Fischer,Dhairya Gandhi,Marco Concetto Rudilosso,Neethu Mariya Joy,Tejan Karmali,Avik Pal,Viral Shah。(2018)。arXiv: 1811.01457。软件包:Flux.jl。
GeoStats.jl – Julia中高性能地统计学。Hoffimann,Júlio。(2018)《开源软件期刊》,3: 692。doi: 10.21105/joss.00692。软件包:GeoStats.jl。
HomotopyContinuation.jl:Julia中同伦延拓的软件包。Paul Breiding,Sascha Timme。(2018)《数学软件 - ICMS 2018》,10931: 458-465。doi: 10.1007/978-3-319-96418-8_54。软件包:HomotopyContinuation.jl。
Julia子类型:一种合理的重建。Francesco Zappa Nardelli,Julia Belyakova,Artem Pelenitsyn,Benjamin Chung,Jeff Bezanson,Jan Vitek。(2018)《ACM编程语言学报》,2(OOPSLA):文章编号113。doi: 10.1145/3276483。网址:http://janvitek.org/pubs/oopsla18a.pdf。
Julia:通过设计协调动态性和性能。Jeff Bezanson,Jiahao Chen,Benjamin Chung,Stefan Karpinski,Viral B. Shah,Jan Vitek,Lionel Zoubritzky。(2018)《ACM编程语言学报》,2(OOPSLA):文章编号120。doi: 10.1145/3276490。网址:http://janvitek.org/pubs/oopsla18b.pdf。
Kpax3:大型序列数据集的贝叶斯双聚类。Alberto Pessia,Jukka Corander。(2018)《生物信息学》,34(12): 2132–2133。doi: 10.1093/bioinformatics/bty056。软件包:kpax3.jl。
Julia中的实时网络仿真:LiveSim.jl的设计与实现。Kourzanov,Peter。(2018)《第10届Ns-3研讨会论文集》:30–36。doi: 10.1145/3199902.3199908。
使用共聚焦激光扫描显微镜估计纳米粒子扩散系数、尺寸和浓度的并行近似贝叶斯计算。M. Röding,M. Billeter。(2018)《显微镜杂志》,271: 174-182。doi: 10.1111/jmi.12706。
通过中间状态实现细胞命运的均值独立噪声控制。Christopher Rackauckas,Thomas Schilling,Qing Nie。(2018)《iScience》,3(1): 11-20。doi: 10.1016/j.isci.2018.04.002。软件包:DifferentialEquations.jl,StochasticDiffEq.jl。
Optim:Julia的数学优化软件包。Patrick Kofod Mogensen,Asbjørn Nilsen Riseth。(2018)《开源软件期刊》,3(24): 615。doi: 10.21105/joss.00615。软件包:LineSearches.jl,Optim.jl。
通过使用低维集和高维矩阵分解进行可达集逼近。Sergiy Bogomolov,Marcelo Forets,Goran Frehse,Frédéric Viry,Andreas Podelski,Christian Schilling。(2018)《混合系统:计算与控制第21届国际会议论文集》:41–50。doi: 10.1145/3178126.3178128。arXiv: 1801.09526。软件包:Lazysets.jl,Reachability.jl。
一种降低蒙特卡罗马尔可夫链拒绝率的方法。Baldassi,Carlo。(2017)《统计力学杂志:理论与实验》,2017: 033301。doi: 10.1088/1742-5468/aa5335。软件包:RRRMC.jl。
通过自然嵌入和带记忆的拒绝采样自适应求解随机微分方程的方法。Christopher Rackauckas,Qing Nie。(2017)《离散与连续动力系统 - B辑》,22(7): 2731-2761。doi: 10.3934/dcdsb.2017133。网址:https://chrisrackauckas.com/assets/Papers/ChrisRackauckas-AdaptiveSRK.pdf。软件包:DifferentialEquations.jl,StochasticDiffEq.jl。
代谢网络可行空间的解析近似。Braunstein,Alfredo,Muntoni,Anna Paola,Pagnani,Andrea。(2017)《自然通讯》,8: 14915。doi: 10.1038/ncomms14915。软件包:metabolic-ep.jl。
表征基因组规模代谢网络在连续细胞培养中的稳态。J. Fernandez-de-Cossio-Diaz,K. Leon,R. Mulet。(2017)《PLOS计算生物学》。doi: 10.1371/journal.pcbi.1005835。arXiv: 1705.09708。
纳米片填充复合材料中扩散传输的计算筛选:使用石墨烯增强聚合物阻隔性能。M. Röding,K. Gaska,R. Kádár,N. Lorén。(2017)《ACS应用纳米材料》,1: 160–167。doi: 10.1021/acsanm.7b00067。
DifferentialEquations.jl – Julia中用于求解微分方程的高性能且功能丰富的生态系统。Christopher Rackauckas,Qing Nie。(2017)《开放研究软件期刊》,5(1): 15。doi: 10.5334/jors.151。软件包:DifferentialEquations.jl。
有效的可扩展编程:在GPU上释放Julia的潜力。Tim Besard,Christophe Foket,Bjorn De Sutter。(2017):1–14。doi: 10.1109/TPDS.2018.2872064。arXiv: 1712.03112。软件包:CUDAdrv.jl,CUDAnative.jl,LLVM.jl。
基于函数回归的单分散球体堆积中各向同性两点相关函数的流体渗透率预测。Röding,Magnus,Svensson,Peter,Lorén,Niklas。(2017)《计算材料科学》,134: 126–131。doi: 10.1016/j.commatsci.2017.03.042。
源自随机神经动力学的非局部非线性输运方程中的Hopf分岔。Drogoul Audric,Veltz Romain。(2017)《混沌》,2017。doi: 10.1063/1.4976510。
Julia:一种数值计算的新方法。Jeff Bezanson,Alan Edelman,Stefan Karpinski,Viral B. Shah。(2017)《SIAM评论》,59: 65–98。doi: 10.1137/141000671。网址:/assets/research/julia-fresh-approach-BEKS.pdf。
JuliaFEM - 用于工业和学术用途的开源求解器。Tero Frondelius,Jukka Aho。(2017)《结构力学》,50(3): 229–233。doi: 10.23998/rm.64224。软件包:JuliaFEM.jl。
JuMP:数学优化的建模语言。Iain Dunning,Joey Huchette,Miles Lubin。(2017)《SIAM评论》,2017(2): 295–320。doi: 10.1137/15M1020575。arXiv: 1508.01982。网址:https://mlubin.github.io/pdf/jump-sirev.pdf。软件包:JUMP.jl。
微环境合作促进类Warburg表型的早期扩散和双稳态。J. Fernandez-de-Cossio-Diaz,A. De Martino,R. Mulet。(2017)《科学报告》。doi: 10.1038/s41598-017-03342-3。
硅酸盐熔体的分子结构、构型熵和粘度:通过亚当-吉布斯粘性流动理论的联系。Le Losq,Charles,Neuville,Daniel R.。(2017)《非晶态固体杂志》,463: 175–188。doi: 10.1016/j.jnoncrysol.2017.02.010。
使用JuliaFEM进行固有频率计算。Marja Rapo,Jukka Aho,Tero Frondelius。(2017)《结构力学》,50(3): 300–303。doi: 10.23998/rm.65040。软件包:JuliaFEM.jl。
Nemo/Hecke:Julia编程语言的计算机代数和数论软件包。Fieker,Claus,Hart,William,Hofmann,Tommy,Johansson,Fredrik。(2017)《2017年ACM国际符号和代数计算研讨会论文集》:157–164。doi: 10.1145/3087604.3087611。软件包:AbstractAlgebra.jl,Hecke.jl,Nemo.jl。
使用非侵入式DSL并行化Julia。Todd A. Anderson,Hai Liu,Lindsey Kuper,Ehsan Totoni,Jan Vitek,Tatiana Shpeisman。(2017)《第31届欧洲面向对象编程会议 (ECOOP 2017)》,74: 4:1–4:29。doi: 10.4230/LIPIcs.ECOOP.2017.4。软件包:ParallelAccelerator.jl。
POMDPs.jl:一个用于不确定性下顺序决策的框架。Maxim Egorov,Zachary N. Sunberg,Edward Balaban,Tim A. Wheeler,Jayesh K. Gupta,Mykel J. Kochenderfer。(2017)《机器学习研究杂志》,18: 1–5。网址:http://jmlr.org/papers/v18/16-300.html。软件包:POMDPs.jl。
使用多蛋白原子距离约束预测蛋白质动力学和变构性。Joe G Greener,Ioannis Filippis,Michael J E Sternberg。(2017)《结构》,25: 546-558。doi: 10.1016/j.str.2017.01.008。软件包:ProteinEnsembles.jl。
Tucker格式下张量Hadamard积的重新压缩。Kressner,Daniel,Periša,Lana。(2017)《SIAM科学计算杂志》,39(5): A1879–A1902。doi: 10.1137/16M1093896。网址:https://sma.epfl.ch/~anchpcommon/publications/ttensors_pp.pdf。软件包:TensorToolbox.jl。
切换动力系统的二阶切换时间优化。Stellato,B.,Ober-Blöbaum,S.,Goulart,P. J.。(2017)《IEEE自动控制汇刊》,62(10): 5407–5414。doi: 10.1109/TAC.2017.2697681。软件包:SwitchTimeOpt.jl。
布朗动力学中的自感应温度梯度。Jack Devine,M. W. Jack。(2017)《物理评论E》,96(6): 062130。doi: 10.1103/PhysRevE.96.062130。
硬立方体和长方体堆积中形状相关的有效扩散率与球体和椭球体的比较。M. Röding。(2017)《软物质》,13: 8864–8870。doi: 10.1039/C7SM01910F。
基于仅SBU理论模型的统计偏差来估计SRAM中的MCU速率。Francisco J Franco,Juan Antonio Clemente,Maud Baylac,Solenne Rey,Francesca Villa,Hortensia Mecha,Juan A Agapito,Helmut Puchner,Guillaume Hubert,Raoul Velazco。(2017)《IEEE核科学汇刊》:2152–2160。doi:10.1109/TNS.2017.2726938。软件包:StatsBase.jl。
基于过程的地质模型的图像拼接随机模拟。Hoffimann,Júlio,Scheidt,Céline,Barfod,Adrian,Caers,Jef。(2017)《计算机与地球科学》,106:18–32。doi:10.1016/j.cageo.2017.05.012。软件包:ImageQuilting.jl。
__。Werder,Mauro A.。(2016)《地球物理研究快报》,43:2045-2052。doi:10.1002/2015GL067542。软件包:rchannelode.jl。
关于Julia和MPI的说明,以及代码示例。Creel,Michael。(2016)《计算经济学》,48:535-546。doi:10.1007/s10614-015-9516-5。软件包:JuliaMPIMonteCarlo.jl。
地铁铁路网络中节能时刻表的两阶段线性规划模型。Das Gupta,Shuvomoy,Tobin,J. Kevin,Pavel,Lacra。(2016)《交通研究B部分:方法论》,93:57–74。doi:https://doi.org/10.1016/j.trb.2016.07.003。
近似贝叶斯计算用于通过光学显微镜估计悬浮单分散纳米颗粒的数量浓度。Röding,Magnus,Zagato,Elisa,Remaut,Katrien,Braeckmans,Kevin。(2016)《物理评论E》,93:063311。doi:10.1103/PhysRevE.93.063311。
CloudArray:简化大型图像处理。André Lage-Freitas,Alejandro C. Frery,Naelson D. C. Oliveira,Raphael P. Ribeiro,Rivo Sarmento。(2016)《2016年IEEE国际地球科学与遥感研讨会(IGARSS)》:631-634。doi:10.1109/IGARSS.2016.7729158。软件包:CloudArray.jl。
异质纤维材料中流体渗透率的计算高通量筛选。Röding,Magnus,Schuster,Erich,Logg,Katarina,Lundman,Malin,Bergström,Per,Hanson,Charlotta,Gebäck,Tobias,Lorén,Niklas。(2016)《软物质》,12:6293–6299。doi:10.1039/C6SM01213B。
Julia中的高级GPU编程。Tim Besard,Pieter Verstraete,Bjorn De Sutter。(2016)。1–10。arXiv:1604.03410。
平衡格林函数导论:凝聚态物理示例及数值实现。Mariana M. Odashima,Beatriz G. Prado,E. Vernek。(2016):1–20。arXiv:1604.02499。
MIToS.jl:Julia语言中用于蛋白质序列分析的互信息工具。Zea,Diego J.,Anfossi,Diego,Nielsen,Morten,Marino-Buslje,Cristina。(2016)《生物信息学》,33:564–565。doi:10.1093/bioinformatics/btw646。软件包:MIToS.jl。
使用Julia中高效的蒙特卡罗算法对RAFT聚合过程进行建模。Pintos,E.,Sarmoria,C.,Brandolin,A.,Asteasuain,M.。(2016)《工业与工程化学研究》,55(31):8534–8547。doi:10.1021/acs.iecr.6b01639。网址:https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.iecr.6b01639。
使用Julia并行评估DSP算法。Kourzanov,Peter。(2016)《第三届并行系统软件工程国际研讨会论文集》:20–24。doi:10.1145/3002125.3002126。
RNA编辑在群体中产生具有不同序列的细胞亚群。Dewi Harjanto,Theodore Papamarkou,Chris J. Oates,Violeta Rayon-Estrada,F. Nina Papavasiliou,Anastasia Papavasiliou。(2016)《自然通讯》,7。doi:10.1038/ncomms12145。软件包:CellwiseEditingDifferentiation.jl。
通过直接耦合分析同时识别特异性相互作用的旁系同源基因和蛋白质间接触。Gueudré,Thomas,Baldassi,Carlo,Zamparo,Marco,Weigt,Martin,Pagnani,Andrea。(2016)《美国国家科学院院刊》,113:12186–12191。doi:10.1073/pnas.1607570113。软件包:ParalogMatching.jl。
非线性演化方程流的符号操作,及其在分裂步时间积分器分析中的应用。Auzinger,Winfried,Hofstätter,Harald,Koch,Othmar。(2016)《科学计算中的计算机代数:第18届国际研讨会,2016年CASC,罗马尼亚布加勒斯特,2016年9月19日至23日,论文集》,9890:30–42。doi:10.1007/978-3-319-45641-6_4。arXiv:1605.00453。软件包:Flows.jl。
学习神经网络的不可思议的有效性:从可访问状态和鲁棒集成到基本算法方案。Baldassi,Carlo,Borgs,Christian,Chayes,Jennifer T.,Ingrosso,Alessandro,Lucibello,Carlo,Saglietti,Luca,Zecchina,Riccardo。(2016)《美国国家科学院院刊》,113:E7655–E7662。doi:10.1073/pnas.1608103113。软件包:BinaryCommitteeMachineFBP.jl,BinaryCommitteeMachineRSGD.jl。
实对称箭头矩阵的精确特征值分解及其应用。N. Jakovčević Stor,I. Slapničar,J. L. Barlow。(2015)《线性代数及其应用》,464:62–89。doi:10.1016/j.laa.2013.10.007。软件包:Arrowhead.jl。
多个迹变换实现的案例研究。Tim Besard,Bjorn De Sutter,Andrés Frías-Velázquez,Wilfried Philips。(2015)《国际高性能计算应用杂志》,29(4):489–505。doi:10.1177/1094342015584091。
CauseMap:从复杂时间序列快速推断因果关系。M. Cyrus Maher,Ryan D. Hernandez。(2015)。doi:10.7287/peerj.preprints.583v2。软件包:CauseMap.jl。
使用Julia进行运筹学计算。Miles Lubin,Iain Dunning。(2015)《运筹学信息杂志》,27:238–248。doi:10.1287/ijoc.2014.0623。软件包:JuMP.jl。
仅具有实数不同根的实系数多项式根的向前稳定计算。N. Jakovčević Stor,I. Slapničar。(2015):1–15。doi:10.18576/amis/110105。arXiv:1509.06224。软件包:Arrowhead.jl。
对角矩阵秩一修正的向前稳定特征值分解。N. Jakovčević Stor,I. Slapničar,J. L. Barlow。(2015)《线性代数及其应用》,487:301–315。doi:10.1016/j.laa.2015.09.025。软件包:Arrowhead.jl。
在多次心跳期间是否可以实现儿科心脏采集的高时间分辨率?使用心脏相位对比Cine-MRI进行说明。Laurent Bonnemains,Freddy Odille,Christophe Meyer,Gabriella Hossu,Jacques Felblinger,Pierre-André Vuissoz。(2015)《PLoS ONE》,10。doi:10.1371/journal.pone.0143744。
Matrix Depot:Julia的可扩展测试矩阵集合。Zhang,Weijian,Higham,Nicholas J.。(2015)《MIMS电子版》,2015.118。doi:10.7717/peerj-cs.58。网址:http://eprints.ma.man.ac.uk/2426。软件包:MatrixDepot.jl。
蒙特卡罗方法和零方差原理。Theodore Papamarkou,Antonietta Mira,Mark Girolami。(2015),贝叶斯方法学及其应用的当前趋势:457–476。
经济学中编程语言的比较。Aruoba,S. Boragan,Fernandez-Villaverde,Jesus。(2014)。doi:10.3386/w20263。
无限维线性代数的实用框架。Sheehan Olver,Alex Townsend。(2014)《动态语言中高性能技术计算研讨会论文集》:57–62。doi:10.1109/HPTCDL.2014.10。arXiv:1409.5529。软件包:ApproxFun.jl。
具有潜在变量的模型的退火重要性采样。M.-N. Tran,C. Strickland,M. K. Pitt,R. Kohn。(2014)。arXiv:1402.6035。
使用多重分派进行数组操作:动态语言中数组实现的设计方法。Jeff Bezanson,Jiahao Chen,Stefan Karpinski,Viral Shah,Alan Edelman。(2014)《数组编程库、语言和编译器ACM SIGPLAN国际研讨会论文集》:56–61。doi:10.1145/2627373.2627383。
使用引导建议对离散观测的多维扩散过程进行贝叶斯估计。Frank van der Meulen,Moritz Schauer。(2014)。doi:10.1214/17-EJS1290。arXiv:1406.4704。软件包:BayesEstDiffusion.jl。
组合安全建模。Caulfield,Tristan,Pym,David,Williams,Julian。(2014)《信息安全、隐私和信任的人为因素》,8533:233–245。doi:10.1007/978-3-319-07620-1_21。
使用双指数Sinc配置方法计算非谐振子的能量特征值。Philippe Gaudreau,Richard Slevinsky,Hassan Safouhi。(2014)。doi:10.1016/j.aop.2015.05.026。arXiv:1411.2089。
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Julia编程语言的实验性多线程支持。Tobias Knopp。(2014)《动态语言中高性能技术计算研讨会论文集》:1–5。doi:10.1109/HPTCDL.2014.11。
蛋白质家族的快速准确的多元高斯建模:预测残基接触和蛋白质相互作用伙伴。Baldassi,Carlo,Zamparo,Marco,Feinauer,Christoph,Procaccini,Andrea,Zecchina,Riccardo,Weigt,Martin,Pagnani,Andrea。(2014)《PLoS ONE》,9:e92721。doi:10.1371/journal.pone.0092721.s001。软件包:GaussDCA.jl。
整个实数线上高斯求积节点和权重的快速计算。Alex Townsend,Thomas Trogdon,Sheehan Olver。(2014)。doi:10.1093/imanum/drv002。软件包:FastGaussQuadrature.jl。
广义低秩模型。Madeleine Udell,Corinne Horn,Reza Zadeh,Stephen Boyd。(2014)。doi:10.1561/2200000055。arXiv:1410.0342。
Julia和偏微分方程的数值均质化。Clemens Heitzinger,Gerhard Tulzer。(2014)《动态语言中高性能技术计算研讨会论文集》:36–40。doi:10.1109/HPTCDL.2014.8。
关于使用共形映射加速梯形法则和Sinc数值方法收敛性的研究。Richard Mikäel Slevinsky,Sheehan Olver。(2014)。doi:10.1137/140978363。软件包:DEQuadrature.jl。
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并行前缀多态性允许并行化、展示和证明。陈佳豪,Alan Edelman。(2014) *HPTCDL'14 第1届动态语言高性能技术计算研讨会论文集*:47–56。doi: 10.1109/HPTCDL.2014.9。网址:https://jiahao.github.io/parallel-prefix。
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使用全局谱方法自动求解偏微分方程。Alex Townsend,Sheehan Olver。(2014)。doi: 10.1016/j.jcp.2015.06.031。arXiv: 1409.2789。软件包:ApproxFun.jl。
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